[PROBLEMON] SQL Server baja su rendimiento

[watche]

Os cuento
En mi empresa tenemos una aplicación .NET (C# con LinQ) con SQL Server 2008 R2 y a veces baja muchisimo el rendimiento de la BBDD. En algunas pantallas se nota más que en otras. Procesos que normalmente tardan 2 segundos, se pueden tirar minutos... Lo que más nos desconcierta es que a veces pasa y a veces no. A veces se soluciona solo ¿Qué puede estar ocasionando estos problemas? Por ahora lo estamos solucionando reconstruyendo los índices, reiniciando SQL Server e incluso reiniciando la máquina. A veces ni con esas...

Me he vuelto loco buscando bloqueos, consultas pesadas, etc. pero no doy con la solución. ¿qué podría mirar que me diera pistas? ¿Qué puede ser? Como he dicho antes, lo más raro es que no siempre va mal, a ratos sí y a ratos no. ¿Puede haber algo en el .net que ralentice la BBDD?

A ver si alguien se le ocurre algo