Reemplazar varios caracteres a la vez

[laura_moreno14]

Estoy haciendo un pequeño programa que extrae diferentes datos de una secuencia de adn. Supongo que muchos no sabreis de que va eso del ADN pero tampoco tiene mucha importancia para resolver el problema. Me explico.

Yo tengo una secuencia formada solo por A, C, T y G. Por ejemplo:

ACCTGTGGACCTGACCATGGACGGACCCTAGCA

Quiero mediante un script remplazar cada letra de esta manera

A --> T
T --> A
C --> G
G --> C

Soy capaz de remplazar un caracter, por ejemplo las A por T. pero no remplazar todas. El problema es que, como es lógico, cuando remplazo las As por Ts, luego Ts por As, y el resultado es que todas las As y Ts son As.

No se si me explicado bien, necesito de alguna manera realizar todos los cambios en la misma cadena a la vez.

Espero que puedan ayudarme, soy una novata con php, estoy empezando y es el primer problema en el que me quedado realmente atascada.