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Iniciado por angelsanchezjr 
Muchas Gracias por su ayuda, como les comente mas abajo, ya encontre el problema, la solucion es solo abrir o crear un proyecto nuevo y meter todos los archivos en la carpeta del nuevo proyecro, lo pongo de nuevo por si alguien tiene este mismo problema, por otro lado, si le haces asi como dicen ustedes la verdad si funciona, pero se pierde mucho tiempo, ya que netbeans trae una vista de navegador, asi solo rapido das click en un icono de "run file" y te muestra la vista de navegador ahi mismo en netbeans.
Gracias amigos!!!
Cuando empieces a usar PHP en serio te vas a acordar de este thread. Te doy mi palabra de esto!
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Iniciado por Reedyseth Asi es jajajaj, yo hago symbolic links en linux y tengo todo en un path y asi lo pruebo, ademas asi tengo un control de apache y de mis logs, saludos.
Ni siquiera hace falta usar symlinks, solo con configurar tu Vhost podes tener tus proyectos en cualquier carpeta.