Buenas!
Pues, sería algo asi:
Suponiendo que tenemos el archivo PHP en "C:/mis Documentos/wamp/www/proyecto1/funciones/llamarExec.php" y el exe en "C:mis Documentos/wamp/www/proyecto1/exe/exe1.exe", podrías hacer:
Código:
$ret = array();
$res = null;
exec("C:mis Documentos/wamp/www/proyecto1/exe/exe1.exe", $ret, $res);
Entonces, en $ret, como dice la docu. de PHP, se guardarán todos los output (si el exe está hecho en "C", serán los printf()), y en $res se guardará el valor de return (en "C" haríamos "return 1;", por lo que $res valdrá 1).
Luego no tienes más que tratar el array, y ya.
Espero te ayude.
Saludos.