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Iniciado por ronnie101984 
Vamos por partes, el tema de los enlaces, si no te salen el webmaster tools habría que ver de que tipo de directorios vienen pero seguramente sea porque no son directorios precisamente de gran relevancia con tu sitio y ni los valora. Se tendría que estudiar un poco más a fondo.
En cuanto a tus dudas con el blog, imagino que lo debes haber instalado en un subdirectorio como por ejemplo "tupagina.com/blog/" entonces digamos que la raíz del tu blog es esa y por lo tanto el sitemap y el robots.txt, deben ir ahí independientes del sitemap y el robots de prestashop.
En primer lugar muchas gracias por tu rápida respuesta! da gusto preguntar en este foro :P
El tema de los enlaces es algo extraño ya que aunque directorios en los que he puesto los backlinks a mi página fueran irrelevantes, los enlaces que genera facebook, google merchant, pinterest, twitter y tal tienen que considerarlos importantes no (pregunto porque no tengo ni idea
)? Entonces no se si es que google me ha penalizado por algo o que puede ocurrir.. pero en caso de que estuviera penalizado me habrían avisado no?
En cuanto a lo del blog es un poco extraño también ya que el blog esta dentro de la carpeta de la tienda online, me explico, en la carpeta donde están los archivos de la tienda virtual esta la carpeta con el blog. No son carpetas diferentes para la tienda virtual y para el blog.
Carpeta_raiz / Tienda_virtual / Blog
Por eso mismo no se si el robots.txt y el sitemap de la tienda virtual llegara a ver los archivos del blog o son independientes.
Muchas gracias a todos!
Espero vuestros comentarios :D