es bien raro he hecho una prueba con los registros que no se ingresaron seleccionando unos 10 y los registra sin problemas ....
te muestro una imagen de como queda la tabla
como pueden ver llega hasta el 5408 y luego puro null y son mas de 90000 registros
esta vez use LOAD DATA INFILE desde la consola de mysql para ver si era un problema con php pero me da lo mismo ... please helpppp