Si en su esencia es alumno-profesor, pero se puede modificar de manera que el sistema de apuntes sea por parte de los estudiantes para los estudiantes. La verdad que es dificil pensar en un solo CMS para cumplir el trabajo pero integrando varios yo creo que es posible. También recuerda, siempre está la posibilidad de un script propio, aunque sea tedioso y consuma mucho tiempo puede ser para mejor.
Te dejo una cita de las posibilidades que brinda Moodle
Cita: Moodle es un sistema de gestión de aprendizaje que le permite proporcionar documentos, tareas calificadas, concursos, foros de discusión, etc a sus estudiantes fácil de aprender y usar.