podrias aumentar la memoria de ejecucion y agilizar la ejecucion del script,
aumentar la memoria ej: ini_set('memory_limit', '2048M');
y aumentar el rendimiento de ejecucion se consigue depurandolo y quitar lo innecesario...
si buscas
http://www.google.es/search?q=optimi...zar+script+php
seguro que encuentras algo
pero una hora para 90.000 datos a la db no esta tan mal... si tienes pocas columnas.