Si vas verificando registro por registro antes de insertar no me extrañaría.
Yo lo haría directamente en MySQL para hacer las cosas más eficientemente, el punto es que no hay procedimiento rápido si tienes que hacerlo con PHP y bajo múltiples condiciones.
Tan solo he de decirte, que a veces, alterar 15 000 registros de una BD, y haciéndolo únicamente con la consola y la versión PHP-CLI tarda minutos, pues tengo que hacer lógica y ciertas conversiones que no son nativas del RDBMS.
Pero bueno, eso en un único proceso, si divido el proceso en 10 sub-procesos evidentemente cuesta un 10% del tiempo, o bien, puedo incrementar en un factor de 10x el nivel registros y se usará aproximadamente el mismo tiempo.
La clave aquí es la premisa de siempre: divide y vencerás.
No hay códigos mágicos ni funciones que hacen esto por nosotros, de ahí que debes aplicar técnica, y sólo tu sabes lo que necesitas.
