Error al ordenar columnas en Mysql

[gustalitro]

Buenas a todos, estoy teniendo un error al intentar ordenar la salida para imprimir desde una tabla especifica, para que entiendan: Ordeno por un campo indexado llamado "secuencia"; el select funciona de maravillas en el interprete de mysql pero en php no funciona del todo bien, pues tengo dos campos llamados respectivamente hora_inicio y hora_fin; ordena el campo hora_inicio en buena forma pero el campo hora_fin ordena como se le da la gana. Ambos campos hora son time, y la verdad que ya no se que puede estar pasando. Desde ya gracias por su atencion y les estare muy agradecido si me responden.