Lo acabo de solucionar, de una manera bastante 
ASQUEROSA, pero como no hace a lo principal de mi aplicación y solo es algo puntual no me jode tanto, sin embargo escucho mejoras y opiniones de todos los gustos para dejarlo lo mejor posible.  
Aquí dejo mi solución:    
Código Javascript
:
Ver original$('#btnAdd').click(function() {
                var n = $('tr', $("#mitabla")).length;    
                var fila = $('tr:last', $("#mitabla")).clone(true);
 
                var countFields = fila.children(0).children(0).children(0).length;
                for (i=0; i<countFields; i++){
                    fila.children(0).children(0).children(0).get(i).id = fila.children(0).children(0).children(0).get(i).id + n;
                    fila.children(0).children(0).children(0).get(i).name = fila.children(0).children(0).children(0).get(i).name + n;
                    fila.children(0).children(0).children(0).get(i).value = "";
                }
                
                $("#mitabla").append(fila);
                // enable the "remove" button
                $('#btnDel').removeAttr('disabled');
            });
  
Saludos y suerte ;)