Por fin!! Ya he conseguido mapear correctamente todas las tablas y funciona todo correctamente.
Dejo claro, que si usas YML como mapeo de la base de datos necesitarás crear los ficheros orm.yml para que te funcione, si no te dará error, al menos desde mi experiencia.
Ahora lo único con lo que me quedo es como añadir un ROL a un Usuario, ya que he greado un grupo de name "Admin" y Otro "User", ahora quiero establecer los roles a los usuarios y no se como, pensé que desde la interfaz del FOS me dejaría administrar esto...
Gracias por todo.