Para que puedas tener el nombre con todos los puntos que quieras en solo dos lineas de codigo lo haces asi:
Código PHP:
// suponiendo que subo un archivo html o un text con nombre mi.archivi.web.html o mi.archivo.texto.txt
$extesiones = array('/\.html$/','/\.txt$/');
$nombre = preg_replace($extesiones,'', $_FILES['imagen']['name'][0]);
y ya te queda tu nombre.