Miles de veces e escrito que es necesario tener php como cgi o cli, por eso te decia que tubieras dos php.exe diferentes, uno para tema web y otro para aplicaciones gtk+.
Descarga los archivos de:
http://kromann.info/
Relacionados con PHP4-GTK y sigue los pasos que te marcan abajo, A ESO ME REFERIA CON LOS ARCHIVOS!!!