Vale, veo tu problema!
Has de tener en cuenta de que cuando le assignas un porcentage a un elemento es en referencia a su "padre" mas inmediato, por ejemplo:
<div>
<h1>// a este le damos 20% de heigth
</h1>
</div>
h1 hara el 20% de alto que lo que hace div, es decir, si div hace 100px, entonces h1 hara 20px. El problema lo tenemos si a ese div no le hemos assignado una altura o si simplemente ese div tiene una altura constante, entonces el h1 no resultara como esperamos.
En caso de que el div haga 0px, no le hemos assignado y el solo no tiene nada de altura, entonces el h1 interior hara cosas raras. Tu caso, el div tiene una altura constante, asi que aunque le des un porcentage al h1(el logo), por mucho que cambies la proporcion de tu navegdor/pantalla estremos igual.
Espero haberte ayudado, si no consigues solucionarlo solo, me pasare por aqui con mas tiempo y te hechare un cable! ;)