Si estás utilizando ajax, esta es una alternativa
http://foros.emprear.com/ajax/ajax_t..._ajax_fdw.html
como el php solo hace el upload y esto no te genera respuesta en el Ajax, tras la subida hace un echo, verificá la respuesta y llamá detener()
Si estás utilizando un iframe, no varia mucho, llamás iniciar() en el submit como te dijo @caricatos, y haces que tras la confirmación de la subida del archivo por el php, este imprima un ascript llamando a detener() en el parent
te aclaro que lo que cuenta es el reloj, la barra de progreso es solo "decorativa", y puede ser poco útil si el proceso tarda mucho. Se podría sin embargo, hacer que se reinicie, o mostrar un gif tipo loader
SAludos