La tercera opción se descarta porque ahí vas a repetir código de la estructura general —cabecera, menú, pie y demás.
Luego depende. Si es una página pequeña te basta con un archivo para todo. Aunque si lo seccionas tampoco pasa nada, yo creo que ya podemos decir que las conexiones a Internet son suficientemente poco malas para el tema de las cargas.
Yo prefiero tener uno general y luego por secciones —o páginas. Queda todo más organizado.
De las cosas que más gustan de usar lenguajes de precompilado —al menos en Sass— es que puedes tener los archivos seccionados como quieras en el momento del desarrollo y luego compilarlos como quieras en producción, uno, varios, o como gustes. Lo comento porque más o menos está relacionado con la pregunta.
