Inicialmente en el texto de $linia tienes "S: C" y el array de reemplazo es:
Que es lo que pasa? Pues que va de uno en uno. Primero "s:", no encuentra nada y por tanto no substituye. Luego prueba con "S:" que lo encuentra y substituye dejando a $linia así " C". Luego ya el resto no se pueden aplicar y como resultado final te queda que $linia=" C" no $linia="C".
Prueba a definir el array de esta forma a ver si obtienes el resultado que querías: