Conteo dentro de Join

[gnzsoloyo]

En realidad, tu consulta no está completamente bien redactada. El uso del LEFT JOIN puee ser muy traicionero si no se lo analiza bien, y en tu caso puede estar dando resultados incorrectos sin percibirlo, simplemente porque en el álgebra de consultas el orden si altera el producto...
La primera tabla debe ser aquella en la que esté el total de los registros posibles, y en tu caso, si uno de los colaboradores no participó en todas y cada una de las preguntas... no saldrá jamás.
Si la encuesta es a los colaboradores, entonces la tabla primaria de la consulta es "colaborador" y no "respuesta".
Yo la podría mas o menos así:

Código MySQL:

SELECT 
    C.supervisor, 
    C.colaborador, 
    R.idpregunta, 
    R.respuesta,
    COUNT(R.respuesta) totalRespuesta
FROM 
    colaborador C 
    LEFT JOIN respuesta R ON C.idcol = R.idcolaborador
WHERE 
    R.idencuesta = '1'
    AND C.supervisor = 'ALCALA SALAZAR'
GROUP BY C.supervisor, C.colaborador, R.idpregunta, R.respuesta
ORDER BY R.`idpregunta` ASC
 

Hay tips adicionales:
1) Usa alias. Ayudan a mantener el código más legible.
2) No uses AS. Es obsoleto, innecesario y los manuales de buenas prácticas en las empresas de desarrollo lo desaconsejan.
3) No uses paréntesis innecesariamente. Los paréntesis tienen impacto en la lógica que aplica el parser y cuando se ponen sin necesidad generan efectos antiperformánticos.