Mysql - suma if condicion where ese resultado

[gnzsoloyo]

Limpiando un poco...

Código MySQL:

SELECT 
    A.codigo,
    A.nombre, 
    IFNULL(sum(S.ingreso)-sum(S.egreso),0) cantidad  
FROM 
    articulos A
    LEFT JOIN stocks S ON A.codigo = S.codigo 
WHERE 
    A.fuera_de_lista = 'False' 
    AND cantidad <= A.minimo 
GROUP BY A.codigo 
ORDER BY A.codigo ASC
 

El error básico es simple: Estás inentando comparar un valor de un campo de una tabla contra un alias del SELECT y ningún DBMS permite hacer eso. Todo campo que aparezca en el WHERE debe ser siempre un campo real de una tabla que figure en el FROM.
No se pueden usar ni alias de columnas, generados en el SELECT de la misma consulta, ni tampoco funciones agregadas.
Es una restricción generalizada de todos los DBMS.

Para lograr lo que quieres debes transformar esa consulta en una subconsulta y obtener una tabla derivada:

Código MySQL:

SELECT
    codigo, 
    nombre, 
    cantidad
FROM
    (SELECT 
        A.codigo,
        A.nombre, 
        IFNULL(sum(S.ingreso)-sum(S.egreso),0) cantidad, 
        A.minimo
    FROM 
        articulos A
        LEFT JOIN stocks S ON A.codigo = S.codigo 
    WHERE A.fuera_de_lista = 'False' 
    GROUP BY A.codigo) T1
WHERE cantidad <= minimo 
ORDER BY codigo ASC