Hola:
Las ventanas modales (las de verdad: alert, prompt y confirm; y las pseudo, que seguro son las que refieres) dependen de javascript, así que no son accesibles; pero si son urls correctas, esas urls son las que deben estar en el href del enlace.
Si se desactiva javascript nunca se abrirá una ventana modal, pero teniéndolo activo, se puede cancelar (onclick="/* aquí la apertura modal...*/;return false") el enlace, pero abriendo esa pseudo-modal.
(por definición, las ventanas modales no pierden el foco hasta que se cierran
)
Saludos
