Virtual dub es un programa gratis de edición lineal de video, pero el chiste es que hay muchos plugins y efectos, entre ellos el de quitar ruido.
http://www.virtualdub.org/
Lo que tendrás que probar es cual es el proceso que te conviene usar, quitar el ruido primero, luego editar, etc. El problema es que normalmente un video hay que comprimirlo varias veces.