Por lo que yo creo que es es muy siemple... solo cambia el valor de los arrays...
Código PHP:
Ver original$objPHPExcel->setActiveSheetIndex(0)
->setCellValue('A'.$row['id'].'', ''.$row['tipotrabajo'].'')
->setCellValue('B'.$row['id'].'', ''.$row['puesto'].'')
->setCellValue('C'.$row['id'].'', ''.$row['nombre'].''
->setCellValue('C'.$row['id'].'', ''.$row['apellido'].'');
Un poco de logica...