Hola que tal.
Si no entiendo mal, lo que quieres hacer es que te muestre un mensaje cuando se allá modificado la base de datos.
Para que te funciones con
PHP y
JavaScript lo que se me ocurre es que desarrolles un proceso con ajax el cual se ejecute cada determinado tiempo en el cual vas a obtener el numero de datos de cada una de las tablas de la base de datos, debes de tomar en cuenta que debes de guardar los valores anteriores a los obtenidos en el proceso, ya que los vas a tener que comparar.
Debes de tomar en cuenta que si quieres obtener los datos que se modifiquen será algo difícil, por ejemplo si no eres el único que tiene acceso al gestor.
Para solucionar eso se me ocurre tener un software para hacer cambios en la base de datos.
En dicho software deberá llenar un campo en el cual te indique que campo fue modificado.
Saludos