Entonces deberías quitar las condiciones
Código:
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-l
pero eso te traería otro problema, no poder acceder a esas carpetas porque se te haría la redirección
lo más apropiado es usar un sufijo en las expresiones
Código:
RewriteRule ^algo-(.*)$ index.php?uri=$1 [QSA,L]
y que tus links sean
Saludos