Cita: PDO en cambio puede usar un amplio rango de SDBMS, por el cual es la que recomiendo de inmediato, si estás muy seguro de que no piensas migrar de MySQL, usa MySQLi.
Creo que esto es una gran ventaja. Yo como la gran mayoria de los que estamos en este foro aprendimos con mysql, sin embargo la necesidad de usar otras plataformas (PostgreSQL, access,oracle, etc) generaba un dolor de cabeza porque si bien las funciones de PHP son muy similares entre si (solo cambia el prefijo de la función, si ves pg_connect o mysl_connect entiendes de inmediato que ambas sirven para lo mismo) el tener que duplicar codigo para conectar diferentes tipos de bases de datos es muy dispendioso. Con PDO solo es necesario decirle que gestor de base de datos se usa y el resto de las funciones se manejan de manera transparente para el desarrollador. Por cuestiones practicas viejos proyectos los he dejado en mysqli pero si empiezas desde cero yo recomiendo usar PDO.