Hola amigo.
 
He hecho lo que me has pedido. Y ahora resulta que tengo un error muy puntal. 
Nosé si es falla de la estructuración, pero después de ingresar las notas se queda ahí....le doy enter y nada. 
He agregado la Clase NotasEstudiante y la cuestión es que estoy intentando hacer que funcione. ¿Recuerdas el problema de las Notas?. Se supone que este nuevo algoritmo las corrige. Al guardas las notas en un Objeto NotasEstudiante y luego verificar si las notas estan registradas usando como guía el Cógido del estudiante en cuestión. 
El problema actual es que cuando le pregunto ¿Encontró el código?...Él me dice: Hombre, no hay ningún código en la lista Notasdelosestudiantes. Y pues tiene sentido, porque se supone que es la primera vez que entra a ingresar las notas. ENtonces no tiene tamaño esa lista. Y pues se me ocurrió decirle: Bueno si la lista tiene tamaño 0, entonces haga esto: Ese "esto" es crear el objeto y llenarlo todo normal. Pero sucede que al simularlo y después de llenar las notas se queda...ahí....esperando a que le de Enter....y le doy Enter eternamente y no hace nada 
Te paso el código de cada uno por Ideone.  
Clase Matricula: http://ideone.com/j56M8o  Clase Institucion Test: http://ideone.com/GXveaB  Clase Materia: http://ideone.com/gdghWK  Clase Docente: http://ideone.com/hdOaOD  Clase Estudiante: http://ideone.com/KL5iRS  Clase NotasEstudiante: http://ideone.com/2qrvvv  Archivos Java en Dropbox: https://www.dropbox.com/s/co3i3uuvd2...titucion13.rar 
Gracias por tu paciencia y comprensión.