No se entiende mucho lo que quieres.
Cita: ...unas "plantillas" en word y en excel para que se generen automáticamente con una aplicación que estoy desarrollando en php...
Quieres generar "plantillas" word y excel con php?
Luego nos hablas de fpdf.... que permite hacer pdf... no "plantillas" word y excel.
Si las plantillas son el modelo que debes reproducir en pdf no te quedará mas remedio que aprender a hacer pdf con fpdf u otras librerias similares que facilmente podrás encontrar en la red.