sí, puedes separar esos fragmentos "repetitivos" como el header, footer y el menú de contenidos.
la única consecuencia desfavorable es que puedes generar etiquetas rotas en HTML, por lo cual debes de saber muy bien como separas los fragmentos, por ejemplo si en el header dejas un <div> abierto es obvio que lo cierres en el footer, esto con el objetivo de que el html conserve su estructura.
obviamente hay formas más elegantes de implementar dichas estructuras en includes, como usar motores de plantillas (twig, smarty), pero mientas cuides bien lo que haces no debes tener problemas.
al final si utilizas una estructura MVC con algún FW PHP sería lo ideal, claro, esto implica cierta curva de aprendizaje, si no tienes tiempo comienza con los includes y en un futuro estudia MVC
