Este es el código de 
AgregarMateriasEstudianteDialogo:    
Código Javascript
:
Ver originalpackage universidad_grafica;
 
 
import java.util.List;
import javax.swing.JOptionPane;
import javax.swing.table.DefaultTableModel;
 
public class AgregarMateriasEstudianteDialogo extends javax.swing.JDialog {
 
    private List<Docente>    docentes = null;
    private List<Materia>    materias = null;
    private List<Estudiante> estudiantes = null;
    
 
    public List<Docente> getDocentes(){ return docentes; }
    public void setDocentes(List<Docente> docentes){ this.docentes = docentes;}
    
    public List<Materia> getMaterias(){ return materias; }
    public void setMaterias(List<Materia> materias){ this.materias = materias;}
    
    public List<Estudiante> getEstudiantes(){ return estudiantes; }
    public void setEstudiantes(List<Estudiante> estudiantes){ this.estudiantes = estudiantes;}
    
    public Estudiante buscarEstudiante(String codigo){  // Buscador auxiliar para Docentes
       Estudiante e = null;
       for(Estudiante estudiante : estudiantes){
              if(codigo.equalsIgnoreCase(estudiante.getCodigoestudiante())){
                     e = estudiante;
                    
               }
       }
 
    return e;
       }
    
     public Materia buscarMateria(String codigodelamateria){  // Buscador auxiliar para Materias
       Materia m = null;
       for(Materia materia : materias){
              if(codigodelamateria.equalsIgnoreCase(materia.getCodigomateria())){
                     m = materia;
                    
               }
       }
 
    return m;
       }
    
       public Estudiante buscarMateriasestudiante(String codigodelamateria , String codigoestudiante){
       Estudiante e = null;
       for(Estudiante estudiante : estudiantes){
          if ( estudiante.getCodigoestudiante().equalsIgnoreCase(codigoestudiante))
          {
             for ( int i=0; i<estudiante.getMateriasdelestudiante().size(); i++ )
              {
               if(codigodelamateria.equalsIgnoreCase(estudiante.getMateriasdelestudiante().get(i)) ) 
                     {
                        e = estudiante;      
                     }
              }   
          }
 
              
       }
 
    return e;
       }
    
   
    
    DefaultTableModel model;
    
    
    int filas1 = 0;
    int filas = 0;
 
    
    
    /**
     * Creates new form MateriaDialogo
     */
    public AgregarMateriasEstudianteDialogo(javax.swing.JDialog parent, boolean modal) {
        super(parent, modal);
        initComponents();
        this.setLocationRelativeTo(null);
        
       
         
        
    }
  
Botón para agregar 
Materiasalestudiante    
Código Javascript
:
Ver originalprivate void jButton1ActionPerformed(java.awt.event.ActionEvent evt) {                                         
 
              
        if(!(this.txtCodigoestudiante.getText().trim().isEmpty()))
        {
            int identificador = 0;
            Estudiante e = buscarMateriasestudiante(this.txtCodigomateria.getText().trim(), this.txtCodigoestudiante.getText().trim());
            if(e!=null){
                identificador = 1;
                JOptionPane.showMessageDialog(this,
                "La Materia ya ha sido ingresada para el estudiante",
                "Agregar Materias a un Estudiante", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
             }
            
           Materia m = buscarMateria(this.txtCodigomateria.getText().trim());
            if(m==null){
                JOptionPane.showMessageDialog(this,
                "La Materia no se encuentra registrada en la Universidad",
                "Agregar Materias a un Estudiante", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
                this.txtCodigomateria.setText(null);
                this.txtCodigomateria.requestFocus();
             }
            
            else{
                
                for ( Estudiante estudiante : estudiantes ) 
                {
                  if ( identificador == 1)
                    {
                        break;
                    }
                  
                    if ( estudiante.getNombreestudiante().equalsIgnoreCase(this.txtNombreestudiante.getText().trim()))
                    {    
                              for(Materia materia : materias)
                                 {
                                     
  
                                    if ( materia.getCodigomateria().equalsIgnoreCase(this.txtCodigomateria.getText().trim()))
                                      {
                                        this.txtCodigomateria.setText(null);
                                        this.txtCodigomateria.requestFocus();  
                                        estudiante.setMateriadelestudiante(materia.getCodigomateria());  
                                        // Registrar datos en la tabla
                                        model=(DefaultTableModel)this.jTable1.getModel();
                                        Object fila[] = new Object[3];
                                        fila[0] = materia.getCodigomateria();
                                        fila[1] = materia.getNombremateria();
                                        fila[2] = materia.getCreditos();
                                        model.addRow(fila);
 
                                        jTable1.setModel(model);        
                                      }
                                      filas++;         
                                   }    
                           
                     }
   
                }      
            }
            
            
                 
                 
          }
        
    }
  
Gracias por tu ayuda!!
Saludos!!! 
PD: Mañana tengo la habilitación....espero pasar la materia....hoy tuve el parcial y por un sólo error de código saqué 2.0 

 Bueno, Mañana lo intentaré una vez más :D