El salto de linea es un carácter natural que no necesita corregirse con PHP, lo guardas y debe almacenarse tal cual.
El problema viene cuando lo quieres mostrar en HTML, ya que el HTML indica que se omiten los saltos de linea y espacios de más para normalizarlos como un sólo espacio.
Entonces, al momento de imprimir el texto con saltos de linea estos deben convertirse por su equivalente de HTML, el cual sería <br> y puedes conseguir usando la función nl2br() de PHP.
Pero lo que debes entender es que sí, MySQL si permite almacenar saltos de linea sin ningún tipo de problema.
La diferencia resulta cuando quieres mostrar dicho salto de linea en HTML, que ya no es igual.
