No se si te refieres a canonical de la propia tienda o del modulo de blog. Yo no lo uso ese modulo , suelo montar un WP que es mas cool
.
Si es canonical de la propia tienda en preferncias/ Seo y url / canonical que esta abajo al lado de Url friendly y lo activas. a partir de ahi ya está . Cogerá como canonica la ultima url que tengas en cada sitio , ya sea producto, categorias o secciones o el index. asi se has modificado la url de un producto al meterlo equivocadamente por ejemplo, con canonical te lleva a la url buena o definitiva.
Si es un presta 1.5 igual cambia el sitio donde este en el panel pero mas o menos...
no tiene mucho más , espero haber atinado con la respuesta,