Cita: Para las tablas que son InnoDB, las actualizaciones e insercciones deben estar dentro de una transaccion (aunque sea la unica istruccion?)
Bueno, una transaccion puede contener N sentencias de INSERT/DELETE/UPDATE, dependiendo de lo que quieras "considerar como "operaciones atómicas".
Respecto a las MyISAM, si, es correcto. Sólo puedes controlarlo bloqueandolas.
Respecto a la lectura consistente, lee sobre ISOLATION LEVEL.