Primero mirá esto
Código PHP:
<?php
$d = "D";
$m = "M";
$y = "Y";
$M = "MM";
?>
<form name="form1" method="post" action="agendar.php" onSubmit="<?php echo 'opener.location.href=\'agenda.php?dia='.$d.'&mes='.$m.'&ano='.$y.'&Month='.$M.'&salir=gracias\' echo time();\''; ?>">
<form name="form1" method="post" action="agendar.php"
onsubmit="<?php echo "opener.location.href='agenda.php?dia=$d&mes=$m&ano=$y&Month=$M&salir=gracias&time=". time() . "'"; ?>;">
</form>
Ejecutalo y mirá el código fuente en el navegador (estás imprimiendo echo time() como una cadena)
Luego, no entiendo muy bien la idea, pero me parece que tu problema es que recargás la página principal en el submit, pero hacer el submit significa "enviar los datos" no que el php de agendar.php haya sido ejecutado, por lo que los cambios no se han producido aun.
Saludos