Emprear estuve pensando en lo que dijiste acerca del onsubmit significa enviar datos y no que se haya ejecutado el php primero necesariamente. Por lo que opte por eliminar el evento onSubmit y dejar que ejecute el codigo php y al final del codigo php coloque lo siguiente
Código PHP:
if($query){
echo '
<script>
opener.location.href=\'agenda.php?dia='.$dia.'&mes='.$m.'&ano='.$y.'&Month='.'&salir=gracias\';
opener.window.location.reload();
window.close();
</script>
';
}
Hasta ahora me ha estado funcionando bien.
Quiero agradecerte por tomarte el tiempo para ayudarme, este foro siempre me ha ayudado mucho gracias a gente como tu.