http://stackoverflow.com/questions/5...on-of-an-image
Adapt the code and provide the parameters x, y, width and height to define the rectangle.
Important: The new image will be linked to the original! If you update one, the other follows.
Lo dicho. Haces click en un pixel. Sabiendo la posicion del centro del rectangulo y el tamaño que quieres darle calculas la posición de la esquina definida por x,y además del largo y alto. Creas una nueva imagen (que tiene que estar enlazada con la original) y a partir de eso comparas los pixels.