Como sugerencia, yo pondria en un solo archivo php la estructura y mediante includes/requires o bien llamando a metodos de una clase definida mostrar el contenido. de otra forma te romperas la cabeza, por ejemplo:
index.php
<?php
require('MiProyecto.php');
?>
<Nav><Ul><?php $ClaseMenu->MostrarMenu($_GET['Seccion']); ?> </Ul></Nav>
o algo asi para cada parte cuyo contenido pueda variar de una pagina a otra.
no lo veo como un abuso de php, sino mas bien como una virtud del lenguaje que tendrias que aprovechar, saludos