Pues en lugar de usar el nombre que recibes del archivo debes colocar el nombre que quieras, ¿no te parece?
Código PHP:
$binario_nombre='foo.candy-bar';
Ahora, que si el problema es la extensión puedes consultar en el manual sobre funciones para extraer la extensión, o bien, usar funciones de cadenas de texto para extraer la extensión manualmente y al final agregarla.
En el manual está todo bien documentado, investiga.