A ver... , yo no soy precisamente un "MAKINA" en php.. más bien lo contrario ya que llevo poco con esto del php xdd, pero viendo como envias el formulario desde donde se hacen las upload prueba este codigo aver si rula..
Código PHP:
$upload = ftp_put($conn_id,"/$_POST['archivo']", "$_POST['archivo']" , FTP_BINARY);
Un saludo.