el .htaccess que contiene la directiva debe de estar en la raiz de tu web, y luego en la ruta ponés la relativa a la raíz del sitio
 
ejemplo
si tu raiz (el document_root del sitio) es /htdocs
ponés ahi el htaccess y dentro 
Código:
 errorDocument 404 /404.html
  y el 404.html en la raíz también, si el 404 lo ponés en otra carpeta 
Código:
 errorDocument 404 /otracarpeta/404.html
  Hay una particularidad con IE, si tu 404.html tiene menos de 512 bytes, te muestra la página personalizada de error del sistema windows no la del Apache 
ej.
404.html 
Código:
 <html>
<head>
<title>Error 404</title>
</head>
<body>
<h1>Página no encontrada</h1>
</body>
</html>
  no te lo toma en IE, podés corregirlo poniendo simplemente 
Código:
 <html>
<head>
<title>Error 404</title>
</head>
<body>
<h1>Página no encontrada</h1>
<!--
xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx -- > completás con caracteres hasta superar los 512 bytes
-->
</body>
</html>
  Saludos