Y si haces algo así?
<c:forEach var="producto" items="${requestScope.listadoProductos}">
<tr>
<td><INPUT type="checkbox" name="producto" value="${producto.idProducto}"/>${producto.nombreProducto}</td>
<td>PVP: ${producto.precioProducto}</td>
<td>Cantidad: <INPUT type="text" name="cantidad_${producto.idProducto}" size="3" style="text-align:right"/></td>
</tr>
</c:forEach>
//
String[]productos = request.getParameterValues("producto");
for (int i = 0; i<productos.length; i++) {
String[] cantidadProducto = request.getParameterValues("cantidad_"+productos[i]);
}
Con esto cada cantidadProducto tendria un solo elemento asociado al producto seleccionado.