Aquí si no me equivoco yo, no hay sentido de hacer un benchmark a include y file_get_contents
Lo primero es que ni siquiera hacen lo mismo. Es normal que include tarde muchísimo mas file_get_contents. include tiene que evaluar el contenido del archivo y ejecutarlo por el PHP interpretador y tambien usa include_path para encontrar los archivos asi que es logico de que sea mas lento, mientras que file_get_contents lo unico que hara es tratar el archivo como un string normal. :/