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Iniciado por Fuzzylog 
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Perdón por tardar en responder, en primer lugar agradezco a Fuzzylog la ayuda prestada, aunque al final no haya resuelto la situación de esa manera, los link que me paso fueron muy utiles y me ayudaron a aprender un poco más.
La aplicacion java que tenia lo que hacia era una consulta a una tabla de una base de datos y me generaba un pdf con el resultado de la consulta. Después de un tiempo como realmente lo que me interesaba era el pdf generado, quite la interfaz grafica de la aplicacion para poder ejecutarla mediante la funcion exec() de php y posteriormente abrir el pdf generado mediante una funcion de javascript.