Claro, es porque empezamos a examinar a partir del tag html, que en javascript es document.documentElement. Para lo que vos querés necesitás capturar al nodo padre del nodo html, que en javascript es document.documentElement.parentNode:
Código PHP:
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<meta charset="utf-8" />
<title></title>
<!-- hola -->
<script type="text/javascript">
function htmlTree(obj){
var str = "";
if (obj.hasChildNodes()) {
var child = obj.firstChild;
while (child) {
if (child.nodeType === 8) {
str +=child.nodeValue + '\n';
}
if (child.nodeType === 1) {
str += htmlTree(child);
}
child = child.nextSibling;
}
}
return str;
}
onload=function(){alert(htmlTree(document.documentElement.parentNode));};
</script>
</head>
<body>
<!-- chau -->
</body>
</html>
<!-- uf! -->