Te explico.
Lo que hace mod_rewrite es únicamente reescribir la URL del request internamente, pero no cambia tus enlaces en tus scripts, eso lo tienes que cambiar tu.
Debes escribir tus enlaces viejos (los que intentas reescribir) por sus formas nuevas, la idea es que sólo cambies eso, ya que la programación no debes tocarla, solo los enlaces.
Código HTML:
Ver originalForma vieja:
<a href="?p=pages">link
</a>
Forma nueva:
<a href="/pages">link
</a>