No, el script que muestras es el que extraer las variables de la URL, ese lo debes dejar intacto.
El código que debes editar es el que genera tus enlaces, el que los imprime, los menús o como les quieras llamar. Me refiero a la parte del HTML que son los enlaces, los elementos <a> de tu navegación son los que debes actualizar.
¿Me explico?
Deberías mostrar algo de estos menús que tienes, ya que en cualquier parte que hagas uso de un enlace para tu sistema debe estar escrito de la nueva forma para que al pasar el mouse encima o hacer clic la ruta en el navegador sea la nueva.