Eso no tiene relación con el WYSIWYG, TinyMCE es sólo un editor de texto y no más, tampoco va a resolver nada más por ti.
Esa programación debes hacerla tu, justo en el momento en el que imprimes tu contenido debes procesar los enlaces para que reaccionen como tu quieras, ¿o de verdad pensaste que el WYSIWYG lo iba a hacer por arte de magia?
Hacer una función para procesar los enlaces es pan comido con expresiones regulares, que claro, para que se muestren o no ya depende de la lógica de tu sistema, así que supongo esa parte ya la tienes controlada.
Muestra lo que tienes y vamos viendo.