Hola alyciashape:
No trabajo con SQLite, pero supongo que como cualquier Motor de BD se basa en SQL como motor de consultas... el caracter % efectivamente sirve como comodín para hacer búsquedas de patrones en cadenas, pero con la sentencia LIKE no con la condición de igualación...
prueba esto:
Código:
SELECT *
FROM seur_oponeo
WHERE numero_referencia LIKE 'FC00751%'
Esta sentencia de debería regresar todos los registros cuyo número de referencia comience con FC00751.
Saludos
Leo.