Cita: Mi pregunta es... hay mucha diferencia entre lo que tardaría la tabla A a la tabla B?
Diferencias, si. ¿Cuánta?...
Bueno, se necesita más información para poder responderla, pero existen algoritmos que permiten hacer esas estimaciones, aunque para usarlos se necesita, como dije, más datos, como por ejemplo la estructura real de las tablas.
En principio, si el campo no está indexado, eso exigirá al DBMS realizar un
full table scan, lo que es una pésima idea.