Lo resolve de esta manera:
Código PHP:
$role = $this->em->createQuery('SELECT r.id FROM Application\Entity\Histousuario h JOIN h.role r WHERE (h.id = :id)');
$role->setParameters(array(
':id' => $id
));
$role = $role->getResult();
Existe otra forma de obtener el dato del campo que no requiera llamar a la entidad referenciada?